Aukštaitijos saugomų teritorijų direkcijoje ir Natura 2000 statusą turinčiose teritorijose pagal Valstybinę aplinkos monitoringo programą vykdo rūšių ir buveinių stebėseną, nustatinėja planuojamos ūkinės veiklos įgyvendinimo poveikio šioms teritorijoms reikšmingumą, derina miškotvarkos projektus.

Valstybės įsteigtų saugomų teritorijų, neturinčių direkcijų, ir Europos ekologinio tinklo „Natura 2000“ teritorijų,
nepatenkančių į valstybinius parkus, rezervatus ar biosferos rezervatą, priskirtų saugomų teritorijų direkcijoms, sąrašas randamas naudojantis nurodytomis nuorodomis:

https://vstt.lrv.lt/public/canonical/1729159598/2138/1+priedas_priskyrimo_isakymas_ST_N2K.pdf

https://vstt.lrv.lt/public/canonical/1729160395/2139/2+priedas_Priskyrimo_isakymas_GPO.pdf