Anykščių regioninio parko direkcija nacionalinėse saugomose teritorijose ir Natura 2000 statusą turinčiose teritorijose pagal Valstybinę aplinkos monitoringo programą vykdo rūšių ir buveinių stebėseną, nustatinėja planuojamos ūkinės veiklos įgyvendinimo poveikio šioms teritorijoms reikšmingumą, derina miškotvarkos projektus.
Nacionalinės saugomos teritorijos:
1. Armonos geologinis draustinis (146 ha). Draustinis įsteigtas 1960 m., Ukmergės rajone, siekiant išsaugoti Devono periodo atodangas su šarvuotųjų ir riešapelekių žuvų liekanomis Šventosios upės krantuose.
2. Baldono geomorfologinis draustinis (197 ha). Draustinis įsteigtas 1988 m., Anykščių ir Molėtų rajonuose, siekiant išsaugoti unikalias reljefo formas, gilų ežeringą dubaklonį.
3. Dukstynos entomologinis draustinis (46 ha). Draustinis įsteigtas 1979 m., Ukmergės rajone, siekiant išsaugoti reliktinio drugio – stepinio perlinuko populiaciją.
4. Gykių botaninis draustinis (96 ha). Draustinis įsteigtas 1974 m., Anykščių rajone, siekiant išsaugoti būdingą tarpinio tipo Vakarų Aukštaitijos plynaukštės pelkę su retų rūšių augalų augimvietėmis.
5. Kepurinės telmologinis draustinis (700 ha). Draustinis įsteigtas 1988 m., Kupiškio rajone, siekiant išsaugoti stambių pelkėtų masyvų kraštovaizdį.
6. Plaštakos hidrografinis draustinis (405 ha). Draustinis įsteigtas 1992 m., Anykščių ir Ukmergės rajonuose, siekiant išsaugoti gilaus slėnio mažai vingiuotą Plaštakos upelį.
7. Sakonių balos telmologinis draustinis (61 ha). Draustinis įsteigtas 1974 m., Kupiškio rajone, siekiant išsaugoti Užuraisčio pelkę.
8. Siesarties kraštovaizdžio draustinis (746 ha). Draustinis įsteigtas 1992 m., Ukmergės rajone, siekiant išsaugoti Siesarties upės slėnio kraštovaizdį su raiškiomis erozinėmis formomis, žiobrių nerštavietėmis.
9. Stabulankių geologinis draustinis (6 ha). Draustinis įsteigtas 1988 m., Utenos rajone, siekiant išsaugoti ledyno paliktą riedulyną, smulkiai kalvoto ir dauboto šoninių morenų ruožo kelias gretimas akmeningas pakilumas ir slėnumas.
10. Šimonių biosferos poligonas (23265 ha) yra Anykščių ir Kupiškio rajonuose, įsteigtas 2004 m. BAST, PAST teritorijoms priskirtas 2005 m., siekiant išsaugoti juodojo gandro (Ciconia nigra), mažojo erelio rėksnio (Aquila pomarina), lėlio (Caprimulgus europaeus), žalvarnio (Coracias garrulus), juodosios meletos (Dryocopus martius) ir lygutės (Lullula arborea) perimvietės. BAST LTANY0014 nustatytos Europos Bendrijos svarbos gėlųjų vandenų: natūralių distrofinių ežerų 2 ha, upių sraunumų su kurklių bendrijomis 9 ha, pievų: karbonatinių smėlynų smiltpievių 1 ha, stepinių pievų 10 ha, melvenynų 3 ha, eutrofinių aukštųjų žolynų 20 ha, šienaujamų mezofitų pievų 50 ha, miškapievių 30 ha, pelkių: aktyvių aukštapelkių 47 ha, tarpinių pelkių ir liūnų 30 ha, ir miškų: vakarų taigos 500 ha, medžių apaugusių ganyklų 2 ha, pelkinių miškų 930 ha, buveinės, užimančios bendrą 1634 ha plotą bei Europos Bendrijos svarbos rūšys: didysis auksinukas (Lycaena dispar), lūšis (Lynx lynx), ir Šneiderio kirmvabalis (Boros schneideri), dvilapis purvuolis (Liparis loeselii), plikažiedis linlapis (Thesium ebracteatum), vėjalandė šilagėlė (Pulsatilla patens) ir žvilgančioji riestūnė (Hamatocaulis vernicosus).
11. Šventosios ichtiologinis draustinis (667 ha). Draustinis įsteigtas 1974 m., Anykščių, Ukmergės bei Jonavos rajonuose, siekiant išsaugoti lašišų, šlakių, upėtakių ir žiobrių nerštavietes.
12. Šventosios kraštovaizdžio draustinis (1 222 ha). Draustinis įsteigtas 1974 m., Anykščių rajone, siekiant išsaugoti raiškų Šventosios upės slėnio kraštovaizdį.
13. Taujėnų-Užulėnio miškų biosferos poligonas (22532 ha), esantis Panevėžio ir Ukmergės rajonuose, 2004 m. įsteigtas PAST LTUKM001 išsaugoti Taujėnų–Užulėnio miškų ekosistemą, ypač siekiant išlaikyti žmonių trikdymo vengiančio juodojo gandro (Ciconia nigra), mažojo erelio rėksnio (Aquila pomarina), gervės (Grus grus), pilkosios meletos (Picus canus), vidutinio genio (Dendrocopos medius) ir baltnugario genio (Dendrocopos leucotos) populiacijas su perimvietėmis teritorijoje bei išsaugoti BAST LTUKM0003 rūšių auksuotosios šaškytės (Euphydryas aurinia), baltamargės šaškytės (Euphydryas maturna), didžiojo auksinuko (Lycaena dispar), lūšies (Lynx lynx), ūdros (Lutra lutra) populiacijas. Taip pat šiuose miškuose peri: didysis baublys (Botaurus stellaris), vapsvaėdis (Pernis apivorus), žvirblinė pelėda (Glaucidium passerinum), juodoji meleta (Dryocopus martius). Stebėti baltasis gandras (Ciconia ciconia), vidutinis margasis genys (Dendrocopos medius), nendrinė lingė (Circus aeruginosus), jerubė (Bonasa bonasia), tetervinas (Tetrao tetrix), griežlė (Crex crex), tripirštis genys (Picoides tridactylus), lėlys (Caprimulgus europaeus), lygutė (Lullula arborea), paprastoji medšarkė (Lanius collurio). Dar aptinkamas machaonas (Papilio machaon) įvairiose atvirose vietose: pievose, pamiškėse, miško aikštelėse ir pan. Registruotas Taujėnų miške, taip pat rudaakis satyriukas (Coenonympha hero). Aptiktas beuodegis varliagyvis – nendrinė rūpūžė (Bufo calamita) Siestrų (Kiškeliškio) durpyno teritorijoje, Gružų miške. Aptinkami žinduoliai: nereguliariai besilaikantys vilkai (Canis lupus) ir gausūs bebrai (Castor fiber). Auga į Saugomų augalų sąrašą įrašytų rūšių augalai: statusis atgiris (Huperzia selago), miškinė dirsuolė (Bromus benekenii), paprastasis kardelis (Gladiolus imbricatus), baltijinė gegūnė (Dactylorhiza baltica), retažiedė miglė (Poa remota), meškinis česnakas (Allium ursinum), Botanikos instituto herbare užfiksuota mažoji gegužraibė (Orchis morio).
14. Virintos hidrografinis draustinis (550 ha). Draustinis įsteigtas 1992 m., Anykščių ir Molėtų rajonuose, siekiant išsaugoti gilaus salpinio slėnio smarkiai vingiuotą Virintos vidurupio atkarpą.
15. Žuvintės kraštovaizdžio draustinis (234 ha). Draustinis įsteigtas 1992 m., Ukmergės rajone, siekiant išsaugoti Žuvintės upelio gilaus erozinio slėnio kraštovaizdį.
16. Pelyšos geologinis draustinis (60 ha). Draustinis įsteigtas 1960 m., Anykščių rajone, siekiant išsaugoti Devono periodo atodangų kompleksus su gausiomis šarvuotųjų ir riešapelekių žuvų liekanomis Pelyšos upelio krantuose.
17. Barnėnų telmologinis draustinis (24 ha). Draustinis įsteigtas 1974 m., Ukmergės rajone, siekiant išsaugoti Vidurio Lietuvos lygumai būdingą Barnėnų pelkę.
18. Smiltynės botaninis-zoologinis draustinis (5 ha) Draustinis įsteigtas 2012 m., Ukmergės rajone, siekiant išsaugoti natūralias stepių buveines, kuriose galima rasti retus drugius – stepinį perlinuką, baltajuostį ir juodataškį melsvį, machaoną, smiltyninę hesperiją,o drėgnesnėse pievose auga paprastieji kardeliai, šalmuotosios gegužraibės, melsvieji gencijonai.
19. Žaliosios pievų botanininis-zoologinis draustinis (40 ha). Draustinis įsteigtas 2012 m., Anykščių rajone. Jame gausu saugomų augalų (mažoji ir vyriškoji gegužraibės, pievinė gencijonėlė, žalsvažiedė blandis, baltijinė ir raudonoji gegūnės), drugių (mažoji ir tamsioji šaškytės, akiuotasis satyras, rudaakis satyriukas, auksuotoji šaškytė), žirgelių (šarvuotoji skėtė), varliagyvių (skiauterėtasis tritonas) rūšių.
20. Iženo telmologinis draustinis (318 ha). Įsteigtas 1974 siekiant išsaugoti Vakarų Aukštaičių prieškalvėms būdingą Iženo pelkės kompleksą.